Die Eisenbahner-Bauverein eG ist eine eingetragene Genossenschaft und besteht aus drei Organen: Vorstand, Aufsichtsrat und Vertreterversammlung.
Leitungsorgan ist der Vorstand; der Aufsichtsrat ist das überwachende und beratende Organ, die Vertreterversammlung kann als s.g. Parlament der Genossenschaft eingestuft werden. Die Vertreterversammlung wählt den Aufsichtsrat, dieser bestellt den Vorstand.